Os principais agentes etiológicos virais são o rinovírus, o vírus influenza, o parainfluenza e o adenovírus. Os agentes bacterianos causadores de rinossinusites são Streptococcus pneumoniae e Haemophilus influenzae não-capsulado e, em menor número, Streptococcus beta-hemolítico, Moraxella catarrhalis, Staphylococcus aureus e bactérias anaeróbicas (Peptoestreptococcus e Fusobacterium).
Em relação à resistência bacteriana, estudos realizados no Brasil apontam uma resistência intermediária à penicilina de aproximadamente 20% das cepas pneumocócicas e de 1% de cepas altamente resistentes.
Cerca de 10% das cepas de H.influenzae isoladas e mais de 90% das de M.catarrhalis foram produtoras de betalactamase.
